Biały kościół na Skałecznej oo. Paulinów jest częściowo otoczony pięciometrowym murem, może przez to, że skrywa wiele tajemnic, ale najważniejszy był konflikt króla Bolesława Szczodrego (Śmiałego) z biskupem Stanisławem ze Szczepanowa. Spór potęg świeckiej i kościelnej zakończył się tragicznie: zginął biskup, lecz i król musiał uciekać z kraju z powodu buntu możnych, którzy stanęli po stronie zabitego biskupa. Kult świętego rozpoczął się w 1088 roku po przeniesieniu relikwii Stanisława na Wawel. Święty miał pomagać w bitwach (przypisuje mu się zwycięstwo pod Grunwaldem) oraz uzdrawiać chorych. Z kolei wyjaśnienie, czy był zdrajcą, jak nazywa go Gall Anonim, czy buntownikiem, który nałożył na króla klątwę, czy cudotwórcą, jak sugeruje W. Kadłubek rozgrzewa historyków do czerwoności. Niektórzy dopatrują się ambicjonalnych przyczyn wystąpienia biskupa przeciw królowi, gdyż ten nie uczynił go arcybiskupem gnieźnieńskim, inni z kolei uważają, że gdyby wówczas uznawano go za męczennika, to szybko by go kanonizowano, a nie czekano dwieście lat, by uczynić go świętym. Sporu nie rozstrzygniemy, za to możemy podziwiać ołtarz. Te kolumny są drewniane, chociaż trudno w to uwierzyć, połyskują niczym marmur.

Powyżej pieniek, na którym miał być ćwiartowany biskup, a poniżej krople krwi zachowane w okienkach.

Ze śmiercią biskupa wiąże się wiele legend. Pierwsza głosiła, że kawałków poćwiartowanego ciała pilnowały orły, a woda z tej sadzawki miała cudowne moce uzdrawiania. Z badań wynika, że biskup nie był ćwiartowany, miał jedynie ślady siedmiu uderzeń tępym narzędziem po głowie, zginął zatem od tych uderzeń. Co roku w niedzielę po 8 maja, czyli po święcie Stanisława współcześni wierni przemierzają z relikwiami trasę z Wawelu na Skałkę.

Inna z legend głosi, że święty wstał z grobu, by dać świadectwo prawdzie, że rycerz P. Strzemieńczyk rzeczywiście sprzedał kościołowi wieś o nazwie Piotrowin. Przerażonym sędziom oświadczył, że nie chce żyć na ziemi, więc wrócił do grobu.

Pod bazyliką znajduje się krypta, częściowo wykuta w skale, a w niej zasłużeni zmarli, m.in. J. Długosz, W. Pol, I. Kraszewski, T. Lenartowicz, A. Asnyk, S. Wyspiański, , J. Malczewski, Cz. Miłosz.

Przed bazyliką ogrody zapewniają cień, odpoczynek, spokój. I tu rzeczywiście można spokojnie pomyśleć, pooddychać zielenią, otoczyć się ciszą, znaleźć równowagę i harmonię ducha.